Cette saison 2 s'ouvre quelques mois après le grand crash provoqué par FSociety, le groupe de hackers du mystérieux Mr Robot, qui est parvenu à rembourser la dette de millions d'Américains. Le gouvernement Obama s'active pour rétablir l'ordre économique et social, et les dirigeants de "E" essayent de combler leurs pertes en continuant de faire face aux attaques de FSociety. Le groupuscule, qui peine à donner suite à son coup de force, est désormais dirigé par Darlene, la soeur d'Elliot. Car ce dernier a décidé de faire une cure de désintoxication informatique et pharmaceutique. Installé chez sa mère, il n'approche plus des ordinateurs, vit une vie réglée et répétitive, tâche de ne plus se laisser influencer par ceux qui l'entourent comme par ses propres visions. Il espère ainsi que son père sortira de sa tête. Mais, évidemment, les choses sont plus compliquées que ça...